Um crescente número de produtores são adeptos das leveduras autóctones selecionadas. O processo consiste em selecionar as leveduras presentes no local de produção e leva-las para o laboratório quando serão isoladas, clonadas e testadas para detectar as com maior potencial de rendimento e perfil sensorial desejado. Dessa forma, as cachaças fermentadas com levedura selecionada obtêm identidade regional, graças ao uso de leveduras autóctones, e também maior controle de qualidade e padrão ao utilizarem, safra após safra, a mesma cepa de levedura.
A fermentação utilizando levedura selecionada do local de produção justifica o conceito de território (terroir) para a cachaça, quando destacam as características próprias do ambiente, trazendo tipicidade e atributos sensoriais distintos de cada região.
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